Im Zuge der Säkularisation während der französischen Besatzung des Rheinlandes wurde den Protestanten das Recht der freien Religionsausübung zugestanden. Eine Gedenktafel in der Schildergasse 96 erinnert an den ersten öffentlichen Gottesdienst im Haus der Brauerzunft am Sonntag Rogate 1802. Wenig später, am 7. Juli 1802, wurde den Protestanten, die seit dem 16. Jahrhundert ihren Glauben heimlich praktizieren mussten, die Antoniterkirche und die angrenzenden Gebäude zugesprochen.
Die Renovierung der Kirche unter der Leitung von Ferdinand Franz Wallraf dauerte drei Jahre. Im Zuge der Umwidmung wurden sie den Bedürfnissen eines protestantischen Gottesdienstes umgestaltet. Am Sonntag Rogate, 19. Mai 1805, konnte die Evangelische Gemeinde Köln dann ihren ersten genehmigten öffentlichen Gottesdienst in einer Kirche feiern.
Rogate, 1. Mai 2005, feierte die Gemeinde der Antoniterkirche den zweihundertsten Jahrestag des ersten protestantischen Gottesdienstes in dieser Kirche. Anlässlich der Feierlichkeiten wurde das Abendmahl auf dem ältesten protestantischen Friedhof im Rheinland, dem Geusenfriedhof, am Grab des ersten lutherischen Pfarrers an der Antoniterkirche, Christian Gottlieb Bruch (1770-1836), Großvater des Komponisten Max Bruch, gefeiert.